Este LIC é principalmente coñecido pola extensión e, en gran parte, bo estado de conservación e representatividade dos seus bosques autóctonos ou fragas. Estas masas forestais, que se encontran aquí moi preto da área de contacto entre os sectores bioxeográficos galaico-asturiano e galaico-portugués, constitúen a mellor representación supervivente en Europa dos bosques atlánticos termófilos.
Entre os pisos termocolino e montano inferior prosperan as carballeiras galaico-asturianas occidentais, pertencentes á asociación Blechno spicanti-Quercetum roboris, co carballo (Quercus robur) 
como especie dominante e un cortexo arbóreo e arbustivo composto por abeleiras (Corylus avellana), freixos (Fraxinus excelsior), pradairos (Acer pseudoplatanus), estripos (Crataegus monogyna) e, en zonas baixas e abrigadas do piso termocolino, loureiros (Laurus nobilis) e érbedos (Arbutus unedo). Outras especies arbóreas ou arbustivas presentes nestes bosques, algunhas delas de presenza rara ou infrecuente na Galicia costeira ou situadas no bordo da súa área de distribución, son o teixo (Taxus baccata), o acivro (Ilex aquifolium), o carballo negral ou rebolo (Quercus pyrenaica), o carballo albar (Quercus petraea), a sobreira (Quercus suber), o olmo montano (Ulmus glabra), a cerdeira brava (Prunus avium), e a maceira brava (Malus sylvestris). Localmente son abundantes, e incluso dominantes, o castiñeiro (Castanea sativa), e o bidueiro (Betula celtiberica), que é especialmente numeroso en vagoadas do contorno do encoro.
Os bosques de ribeira ou ripisilvas flanquean unha gran parte dos leitos fluviais e pola súa extensión, naturalidade e estado de conservación constitúen unha das mellores mostras deste tipo de formacións forestais en Galicia. No Eume prodúcese o tránsito entre o dominio das ripisilvas galaico-portuguesas (asociación Senecio bayonensis-Alnetum glutinosae) e as galaico-asturianas setentrionais (asociación Valeriano pyrenaicae-Alnetum glutinosae), caracterizadas pola abundancia de ameneiros (Alnus glutinosa), cos que se mesturan salgueiros (Salix atrocinerea), freixos (Fraxinus excelsior e Fraxinus angustifolia), e sanguiños (Frangula alnus) entre outras especies arbóreas.
Estes bosques albergan un gran número de taxons escasos ou de distribución marxinal. Ademais dalgunhas de especies arbóreas pouco comúns na Galicia costeira, citadas antes, é preciso mencionar, entre as anxiospermas (a Narcissus cyclamineus, Narcissus asturiensis, Narcissus triandrus, Allium victorialis, Inula conyza, Luzula sylvatica subsp. grandulosa, etc). Ademais, as carballeiras e abeledos das vagoadas por debaixo dos 400 m de altitude, sobre todo, son un refuxio de excepcional relevancia para a flora pteridolóxica; así, coñécese un total de 28 taxons de fieitos, incluíndo varios relitos macaronésicos ameazados e restrinxidos a moi poucos lugares no ámbito ibérico e incluso mundial, como Culcita macrocarpa (considerada en perigo no Libro vermello da flora vascular ameazada de España), Dryopteris guanchica, Cystopteris viridula, Vandeboschia speciosa, Hymenophyllum tumbrigense, Davallia canariensis, Woodwardia radicans e Dryopteris aemula.
Do mesmo xeito, case a metade da brioflora galega está presente na zona (máis de 220 especies: 136 de brións e 85 de hepáticas), incluíndo 52 especies novas para Galicia, algunhas delas raras en España, como os brións (Andreaea crassinervia, Cyclodyction laetevirens, Cryphaea lamyana, Isothecium holtii ou Rhynchostegium alopecuroides) ou a hepática (Metzgeria temperata). A flora liquénica é igualmente excepcional, e foron catalogadas 243 especies, das cales 24 son raras ou descoñecidas no resto de España e 3 son novas para Europa. O catálogo de fungos, aínda que provisional, é así mesmo moi extenso, con 163 especies, moitos deles raros en Galicia. Aínda que dunha relevancia menor que a dos bosques, o LIC alberga boas representacións de diferentes tipos de matogueiras, entre as que se insiren pequenas áreas higroturbosas, como na área do monte Fontardión e ao noroeste do concello de Monfero. Nestas áreas destaca a presenza de Erica mackaiana e Cytisus ingramii, endémicas do norte de Galicia, e Linkagrostis juressi, entre outras moitas especies de distribución restrinxida. A vexetación de paredes rochosas silíceas tamén está moi ben representada, particularmente no canón entre o encoro e a central hidroeléctrica.
